分析步骤
1. 确定出生时辰：根据题目中提供的信息，孩子出生在农历六月十三的凌晨一点四十，属于丑时。
2. 结合八字推算：需要知道孩子的出生年月日天干地支信息才能进行完整分析，此处我们假设一个例子，比如孩子的年柱、月柱、日柱分别为庚、未、乙等（实际需要结合实际八字信息）。
3. 分析五行相生相克关系：依据天干地支与五行的对应关系，以及五行的生克规律进行分析。
五行分析
1. 时辰的五行属性：凌晨一点四十属于丑时，丑属土，土能生金。在这个时辰出生的孩子，土和金两个元素在五行中占有一定的分量。
2. 八字中其他元素分析：需结合具体的年月日的天干地支信息来确定其他五行的属性及强度。如日柱乙木，则还需考虑木的属性。
3. 五行缺失判断：通过综合分析八字中各天干地支的五行属性，可以判断孩子是否缺某种五行元素。例如，如果孩子八字中缺乏火或水等元素，则表明在这些方面有所不足。
根据以上分析，要确定孩子五行中缺什么，需要具体八字信息作为依据。如果只知道农历出生日期和大致时间，无法准确判断其五行缺失情况。建议家长通过八字排盘等方式获取详细信息，或者咨询专业的命理师进行分析。